Im Februar 1945 wurde der Straßentrakt des Anatomiegebäudes von einer alliierten Fliegerbombe getroffen. Die Zerstörung hatte die vorübergehende Unterbrechung des Lehrbetriebes zur Folge. Er wurde aber mit Kriegsende improvisiert wieder aufgenommen. Zwischen 1948 bis 1952 wurde die Integrität des Gebäudes wieder vollständig hergestellt. Dabei achtete man darauf, den ursprünglichen Bestand möglichst zu erhalten. Lediglich die Fassade wurde abgetragen und der Kern des Mantels neugestrichen freigelegt. Zusätzlich wurde ein drittes Stockwerk hinzugefügt. Seither prägen der symmetrische Aufbau, mit zwei Hör- und sechs Seziersälen angehende Mediziner:innen.
NS-Erbe
Von 1938 bis 1945 war das Institut für Anatomie Teil des NS-Hochschulsystems. Als dessen Leiter wurde Eduard Pernkopf bestellt, der von 1943 bis 1945 auch Rektor der Universität Wien war. Unter seiner Leitung kam es zu politischen und "rassischen" Säuberungen unter Belegschaft und Studierenden. Seziert wurde unter anderem an Körpern von Hingerichteten (darunter auch an politischen Gefangenen) - die Abteilung distanziert sich von diesen Handlungen.
Pernkopfs fachliche Hinterlassenschaft ist ein detaillierter Atlas der Anatomie: "Topographische Anatomie des Menschen, Atlas der regionär-stratigraphischen Präparation".
Aufgrund seines Enstehungskontextes wird dieses Werkes seit den 1980ern äußerst kontrovers diskutiert (e.g. Czech H, Druml C, Weninger WJ, Müller M; 2021)
1997 wurde an der damaligen Medizinischen Fakultät der Universität Wien eine institutionsübergreifende Historiker:innenkommission unter der Projektleitung von Dr. Gustav Spann eingesetzt. Zielsetzung dieser Kommission war es unter anderem, die musealen Sammlungen am Institut für Anatomie zu sichten und die Trocken- und Feuchtpräparte in ihren potenziell nationalsozialistischen Entstehungskontext zu setzen. Sterbliche Überreste von Opfern des NS-Regimes, die in diesem Prozess identifiziert werden konnten, wurden ehrenvoll bestattet.